HKLM\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce

откуда и выполняются, когда первый пользователь входит в систему впервые.

В общем, [GuiRunOnce] можно использовать в качестве самого простого способа установки приложений. В [GuiRunOnce] размещается команда на запуск пакетного файла, который в свою очередь содержит команды на установку приложений. Допустим, таким пакетным файлом у нас является install.cmd. Пример команды на его запуск из [GuiRunOnce]

[GuiRunOnce]
  "%systemdrive%\install\install.cmd"

Я подразумеваю, что вы знакомы с $ОЕМ$ директориями и понимаете, что если файл install.cmd кладется в $OEM$\$1\install\, то в процессе установки он будет скопирован в %systemdrive%\install и запущен при первом входе систему при помощи вышеуказанной команды.

В секции [GuiRunOnce] можно указать несколько команд:

[GuiRunOnce]
  "regedit /s %systemdrive%\install\tweak.reg"
  "%systemdrive%\install\install.cmd"
  "%systemdrive%\install\cleanup.cmd";
  "cmd /Q /C rd /S /Q %systemdrive%\install"

и так далее (обратите внимание, что в последней строке сначала вызывается командная строка, а затем ей передается индивидуальная команда). Команды будут выполнены последовательно, т.е. по завершении первой указанной команды, будет выполняться вторая и т.д.

Примечание: выполнение команд секции [GuiRunOnce] начинается до загрузки оболочки (explorer), следовательно установка приложения, которому для корректной инстaлляции требуется наличие оболочки, может закончиться неудачей (особенно если команда на установку приложения идет в начале списка).